Κατοίκησε κοντά στο σπήλαιο του άγιου Πέτρου του Αθωνίτου και με κόπους πολλούς έκτισε κελλί με ναό προς τιμή της Υπαπαντής, τον όποιο κόσμησε με εικόνες, πού ο ίδιος αγιογράφησε, γιατί ήταν καλός αγιογράφος.
Ο θείος Νείλος, «καταφλεγόμενος από τον πόθον της ησυχίας, εζήτει τόπον ερημικώτερον και εύρων σπήλαιον κατάκρημνον και από τα δύο μέρη, φοβερόν εις την θέαν διά το κρημνώδες, κατέβαλε μεγάλας προσπάθειας και κατήλθεν εις αυτό». Εκεί βίωσε μυστικά υπερουράνιες καταστάσεις.
