Με τον εκπατρισμό των Ελλήνων το 1964, η Κοινότητα διαλύθηκε και συγχωνεύθηκε με την αντίστοιχη Ελληνική του Πορτ Σάιτ γεγονός που είχε άμεσο αντίκτυπο στον Ιερό Ναό, που ουσιαστικά έμεινε απροστάτευτος και λεηλατήθηκε ο εξοπλισμός του. Λίγα χρόνια αργότερα, το 1967, επήλθε το τελειωτικό ‘χτύπημα’ στον Ναό καθώς κατεστράφη ολοσχερώς από τους βομβαρδισμούς των ισραηλινών αεροσκαφών κατά τη διάρκεια του πολέμου των έξι ημερών μεταξύ αυτών και των Αιγυπτίων.
Επί σαράντα τρία ολόκληρα χρόνια οι αγωνιώδεις προσπάθειες των Θεοφιλεστάτων Επισκόπων για την ανοικοδόμηση του Ναού δεν απέδωσαν καρπούς, καθώς η περιοχή που βρίσκεται αυτός έχει χαρακτηρισθεί ως «στρατιωτική ζώνη» και ως εκ τούτου δε δινόταν η σχετική άδεια από τις αιγυπτιακές αρχές.
